В 1. 96. 6 году «Реал», спустя 6 лет, выиграл свой шестой Кубок Чемпионов, обыграв в финале «Партизан», но наибольшим успехом стала победа в полуфинале над «Интером» 1: 0 «дома» и 1: 1 «в гостях». В начале 1. 97. 0- х годов начал меняться футбол, наступила эпоха универсализма, к которой Муньос, на тот момент, готов не был, а в 1. УЕФА от «Ипсвича» Муньос подал в отставку, которая, на этот раз, была принята, по той причине, что и в Испании «Реал» не блистал, занимая 8- ю строчку. Муньос работал в «Реале» 1. В 1. 98. 2 году Муньос возглавил сборную Испании, которая неудачно выступила на чемпионате мира.